El embarcadero que desde los comienzos sirvió para el transporte de mercadería, en 1885 ya contaba con un servicio regular (aunque sin horario establecido) a Corrientes. Pronto el tránsito comenzó a intensificarse, y surgieron varios problemas: la falta de caminos acordes hasta Resistencia, la carencia de un muelle y el reclamo de antiguos propietarios sobre terrenos linderos. Las primeras mejoras llegaron en 1906, con la instalación de un pequeño embarcadero de madera que permitía el atraco de buques de poco calado; las embarcaciones mayores dependían de un pontón propiedad de la empresa naviera Compañía Argentina de Navegación Nicolás Mihanovich Limitada. El siguiente es el comentario de un cronista ante la visita del Ministro de Relaciones Exteriores Dr. Manuel Montes de Oca a Barranqueras:
Un puerto lleno de buques de carga y descarga, mercaderías por todas partes, maquinarias, aserraderos a vapor, trenes en actividad y multitud de trabajadores en plena labor, ferrocarriles de importancia en construcción y trazado de nuevas vías férreas".
Años después -por intervención del gobernador D. Gregorio López ante el gobierno nacional- se desestimaron los reclamos territoriales de antiguos concesionarios, y el puerto tuvo así una mayor extensión. Como el río era el único medio seguro de transporte en aquella época, pronto el puerto comenzó a atraer fábricas en sus cercanías, y junto con ellos mayor movimiento y obreros que se instalaban en la zona. También comenzó a crecer la producción agrícola del interior del -en ese entonces- Territorio Nacional del Chaco, y la falta de depósitos provocaba el estropeo de numerosas mercaderías por la exposición a la intemperie.
La construcción del muelle comenzó en 1921, luego de intensas gestiones locales. La comunidad local ya consideraba en ese entonces que Barranqueras -aún con sus precarias instalaciones- superaba en movimiento a todos los puertos del río Paraná salvo el de Rosario. En 1928 se habilitarían las obras del muelle de madera y cemento de 250 m, una defensa costera de 600 m y 5 galpones con capacidad para 2.500 t cada uno. Estas renovadas instalaciones más el auge del algodón incrementaron el volumen e importancia de los puertos de Barranqueras y Vilelas de forma considerable, pasando de 162.415 t de carga en 1928 a 326.429 t en 1946. Un año más tarde se inauguran los viajes de la balsa automóvil que uniría los puertos de Corrientes y Barranqueras.
Puerto habilitado según los lineamientos de la ley nº 24.093 (actividades portuarias) por decreto del PEN nº 29/2003 de fecha 7 de enero de 2.003.
Con fecha 21 de agosto de 1991 el Puerto de Barranqueras junto con el Puerto Bermejo pasan a depender del Gobierno de la Provincia del Chaco bajo el área del Ministerio de Economía, Obras y Servicios Públicos, Secretaría de Transportes, Obras y Servicios Públicos.
Organización de la autoridad portuaria
Decreto Nro. 292 del 9 de marzo de 2011.